Le deuxième chapitre de la lettre apostolique sur le Rosaire est consacré à une réflexion sur les différents mystères, mystères de la vie du Christ mais aussi de sa Mère et de l’homme.

La répétition litanique de l'Ave Maria devient une louange incessante du Christ... « Le fruit de tes entrailles est béni ». La répétition de l'Ave Maria constitue la trame sur laquelle se développe la contemplation des mystères : à chaque Ave, Jésus se présente tour à tour dans la succession des mystères comme Fils de Dieu et fils de la Vierge.
Si on veut trouver dans le Rosaire un « résumé de l’Évangile », selon une formule qu’affectionne Jean Paul II, il convient de parler de la vie publique du Christ : « Les mystères lumineux ». Tant que je suis dans le monde, je suis la lumière du monde.
C'est dans l'espace de ces mystères, que nous contemplons des aspects importants de la personne du Christ en tant que révélateur définitif de Dieu. Proclamé Fils bien-aimé du Père lors du Baptême dans le Jourdain, il est Celui qui annonce la venue du Royaume, en témoigne par ses œuvres, en proclame les exigences.
Ces mystères permettront une authentique introduction aux profondeurs du Cœur du Christ, abîme de joie et de lumière, de douleur et de gloire. Le pape enchaîne sur un exposé des différents mystères du Rosaire.

Mystères joyeux (médités les lundi et samedi)
Marie nous conduit à la connaissance du secret de la joie chrétienne.
À l’Annonciation, dans la joie, l’univers entier dit son oui avec celui de Marie : « Réjouis-toi Marie, ! » ; l’exultation jaillit dans la scène de la Visitation ; une grande liesse entoure la Nativité du Sauveur du monde à Bethléem ; sur la joie de la Présentation au Temple, manifestée par Syméon et Anne et du Recouvrement au Temple, se profile cependant l’ombre du drame, prix de la Rédemption.

Les mystères lumineux (médités le jeudi)
Nous font méditer la révélation du Royaume désormais présent dans la personne de Jésus.
Le Baptême au Jourdain est avant tout un mystère de lumière. En ce lieu, alors que le Christ descend dans les eaux du fleuve comme l'innocent qui se fait "péché" pour nous (cf. 2 Co 5, 21), les cieux s'ouvrent, la voix du Père le proclame son Fils bien-aimé (cf. Mt 3, 17 par), tandis que l'Esprit descend sur Lui pour l'investir de la mission qui l'attend.
 Le début des signes à Cana est un mystère de lumière (cf. Jn2, 1-12), au moment où le Christ, changeant l'eau en vin, ouvre le cœur des disciples à la foi, grâce à l'intervention de Marie, la première des croyantes.
 C'est aussi un mystère de lumière que la Prédication par laquelle Jésus annonce l'avènement du Royaume de Dieu et invite à la conversion (cf. Mc 1,15), remettant les péchés de ceux qui s'approchent de lui avec une foi humble (cf. Mc 2, 3- 13; Lc 7, 47-48) ; ce ministère de miséricorde qu'il a commencé, il le poursuivra jusqu'à la fin des temps, principalement à travers le sacrement de la Réconciliation, confié à son Église (cf. Jn 20, 22-23).
 La Transfiguration est le mystère de lumière par excellence. Selon la tradition, elle survint sur le Mont Thabor. La gloire de la divinité resplendit sur le visage du Christ, tandis que le Père, aux Apôtres en extase, le donne à reconnaître pour qu'ils "l'écoutent" (cf. Lc 9,35) et qu'ils se préparent à vivre avec lui le moment douloureux de la Passion, afin de parvenir avec lui à la joie de la Résurrection et à une vie transfigurée par l'Esprit Saint.
Enfin, c'est un mystère de lumière que l'Institution de l'Eucharistie dans laquelle le Christ se fait nourriture par son Corps et par son Sang sous les signes du pain et du vin, donnant "jusqu'au bout" le témoignage de son amour pour l'humanité (Jn 13,1), pour le salut de laquelle il s'offrira en sacrifice.
Dans ces mystères, Marie semble peu présente, mais le « Faites tout ce qu'il vous dira » de Cana accompagne tout le parcours du Christ (Jn 2, 5). C'est une recommandation qui nous fait entrer dans les paroles et dans les signes du Christ durant sa vie publique, constituant le fond marial de tous les "mystères de lumière".

Les Mystères douloureux (médités les mardi et vendredi)
Chemin de croix qui nous fait toucher l’immense miséricorde de Dieu et la vérité sur l’immense misère de l’homme.
Point culminant de la révélation de l'amour où se trouve la source de notre salut.
Le parcours de la méditation s'ouvre sur Gethsémani, où le Christ vit un moment particulièrement angoissant, confronté à la volonté du Père face à laquelle la faiblesse de la chair serait tentée de se rebeller. À ce moment-là, le Christ se tient dans le lieu de toutes les tentations de l'humanité et face à tous les péchés de l'humanité pour dire au Père : " Que ce ne soit pas ma volonté qui se fasse, mais la tienne ! " (Lc 22, 42 par). Son "oui" efface le "non" de nos premiers parents au jardin d'Eden. Et ce qu'il doit lui en coûter d'adhérer à la volonté du Père apparaît dans les mystères suivants, la flagellation, le couronnement d'épines, la montée au Calvaire, la mort en croix, par lesquels il est plongé dans la plus grande abjection : Ecce homo !
Dans cette abjection se révèle non seulement l'amour de Dieu mais le sens même de l'homme. Ecce homo : qui veut connaître l'homme doit savoir en reconnaître le sens, l'origine et l'accomplissement dans le Christ, Dieu qui s'abaisse par amour « jusqu'à la mort et à la mort sur une croix. »
Les mystères douloureux conduisent le croyant à revivre la mort de Jésus en se mettant au pied de la croix, près de Marie, pour pénétrer avec elle dans les profondeurs de l'amour de Dieu pour l’homme et en sentir toute la force régénératrice.

Les mystères glorieux   (médités les mercredi et dimanche)
Ils disent la joie de la Résurrection, la joie de l’Ascension à laquelle Marie est associée par l'Assomption, anticipant, par un privilège très spécial, la destinée réservée à tous les justes par la résurrection de la chair. Enfin, Couronnée de gloire, elle brille comme Reine des Anges et des Saints, anticipation et sommet de la condition eschatologique de l'Église.
Le troisième mystère glorieux, la Pentecôte, montre le visage de l'Église comme famille unie à Marie, ravivée par l'effusion puissante de l'Esprit et prête pour la mission évangélisatrice...
Les mystères du Christ sont aussi, dans un sens, les mystères de sa Mère… Ils sont aussi le mystère de tout homme : chaque mystère du Rosaire, bien médité, éclaire le mystère de l'homme...

À Bethléem, il découvre le caractère sacré de la vie ; à Nazareth, il apprend la vérité fondatrice de la famille selon le dessein de Dieu ; en écoutant le Maître il découvre le Royaume de Dieu ; au Calvaire, il apprend le sens de la souffrance salvifique. Enfin, en contemplant le Christ et sa Mère dans la gloire, il voit le but auquel il est appelé, à condition de se laisser guérir et transfigurer par l'Esprit Saint. Tout naturellement, cette rencontre avec le Christ et sa mère, conduit à leur confier nos fardeaux :
À vingt-cinq ans de distance, repensant aux épreuves qui ne m'ont pas manqué même dans l'exercice de mon ministère pétrinien, j'éprouve le besoin de redire, à la manière d'une chaleureuse invitation adressée à tous pour qu'ils en fassent l'expérience personnelle : oui, vraiment le Rosaire « donne le rythme de la vie humaine », pour l'harmoniser avec le rythme de la vie divine, dans la joyeuse communion de la Sainte Trinité, destinée et aspiration ultime de notre existence.